Many duplicate files and folders while restoring archive of web app CI 2

PHP Code:
/* APPLICATION ENVIRONMENT
 *---------------------------------------------------------------
 *
 * You can load different configurations depending on your
 * current environment. Setting the environment also influences
 * things like logging and error reporting.
 *
 * This can be set to anything, but default usage is:
 *
 *     development
 *     testing
 *     production
 *
 * NOTE: If you change these, also change the error_reporting() code below
 *
 */

// Local: localhost or local.example.com
if ($_SERVER['SERVER_NAME'])
{
    if (strpos($_SERVER['SERVER_NAME'], 'local.') !== FALSE OR $_SERVER['SERVER_NAME'] == 'localhost' OR strpos($_SERVER['SERVER_NAME'], '.local') !== FALSE)
    {
        define('ENVIRONMENT', 'local');
    }

    // Development: dev.example.com
    elseif (strpos($_SERVER['SERVER_NAME'], 'dev.') === 0)
    {
        define('ENVIRONMENT', 'dev');
    }

    // Quality Assurance: qa.example.com
    elseif (strpos($_SERVER['SERVER_NAME'], 'qa.') === 0)
    {
        define('ENVIRONMENT', 'qa');
    }

    // Live: example.com
    else
    {
        define('ENVIRONMENT', 'live');
    }
}
else
{
    define('ENVIRONMENT', 'local');
}

/*
 *---------------------------------------------------------------
 * ERROR REPORTING
 *---------------------------------------------------------------
 *
 * Different environments will require different levels of error reporting.
 * By default development will show errors but testing and live will hide them.
 */

    switch (ENVIRONMENT)
    {
        case 'local':
        case 'dev':
            error_reporting(E_ALL);
        break;

        case 'qa':
        case 'live':
            error_reporting(0);
        break;

        default:
            exit('The application environment is not set correctly.');
    }
    
/*
|---------------------------------------------------------------
| DEFAULT INI SETTINGS
|---------------------------------------------------------------
|
| Hosts have a habbit of setting stupid settings for various
| things. These settings should help provide maximum compatibility
| for PyroCMS
|
*/

    // Let's hold Windows' hand and set a include_path in case it forgot
    set_include_path(dirname(__FILE__));

    // Some hosts (was it GoDaddy? complained without this
    @ini_set('cgi.fix_pathinfo', 0);
    
    // PHP 5.3 will BITCH without this
    if(ini_get('date.timezone') == '')
    {
        date_default_timezone_set('GMT');
    }


/*
|---------------------------------------------------------------
| SYSTEM FOLDER NAME
|---------------------------------------------------------------
|
| This variable must contain the name of your "system" folder.
| Include the path if the folder is not in the same  directory
| as this file.
|
| NO TRAILING SLASH!
|
*/
    $system_path = 'system/codeigniter';

/*
 *---------------------------------------------------------------
 * APPLICATION FOLDER NAME
 *---------------------------------------------------------------
 *
 * If you want this front controller to use a different "application"
 * folder then the default one you can set its name here. The folder
 * can also be renamed or relocated anywhere on your server.  If
 * you do, use a full server path. For more info please see the user guide:
 * http://codeigniter.com/user_guide/general/managing_apps.html
 *
 * NO TRAILING SLASH!
 *
 */
    $application_folder = 'system/pyrocms';

/*
 *---------------------------------------------------------------
 * ADDON FOLDER NAME
 *---------------------------------------------------------------
 *
 * If you want this front controller to use a different "application"
 * folder then the default one you can set its name here. The folder
 * can also be renamed or relocated anywhere on your server.  If
 * you do, use a full server path. For more info please see the user guide:
 * http://codeigniter.com/user_guide/general/managing_apps.html
 *
 * NO TRAILING SLASH!
 *
 */
    $addon_folder = 'addons';

/*
 * --------------------------------------------------------------------
 * DEFAULT CONTROLLER
 * --------------------------------------------------------------------
 *
 * Normally you will set your default controller in the routes.php file.
 * You can, however, force a custom routing by hard-coding a 
 * specific controller class/function here.  For most applications, you
 * WILL NOT set your routing here, but it's an option for those 
 * special instances where you might want to override the standard
 * routing in a specific front controller that shares a common CI installation.
 *
 * IMPORTANT:  If you set the routing here, NO OTHER controller will be
 * callable. In essence, this preference limits your application to ONE
 * specific controller.  Leave the function name blank if you need
 * to call functions dynamically via the URI.
 *
 * Un-comment the $routing array below to use this feature
 *
 */
     // The directory name, relative to the "controllers" folder.  Leave blank
     // if your controller is not in a sub-folder within the "controllers" folder
    // $routing['directory'] = '';
    
    // The controller class file name.  Example:  Mycontroller.php
    // $routing['controller'] = '';
    
    // The controller function you wish to be called. 
    // $routing['function']    = '';


/*
 * -------------------------------------------------------------------
 *  CUSTOM CONFIG VALUES
 * -------------------------------------------------------------------
 *
 * The $assign_to_config array below will be passed dynamically to the
 * config class when initialized. This allows you to set custom config 
 * items or override any default config values found in the config.php file.  
 * This can be handy as it permits you to share one application between
 * multiple front controller files, with each file containing different 
 * config values.
 *
 * Un-comment the $assign_to_config array below to use this feature
 *
 */
    // $assign_to_config['name_of_config_item'] = 'value of config item';

// --------------------------------------------------------------------
// END OF USER CONFIGURABLE SETTINGS.  DO NOT EDIT BELOW THIS LINE
// --------------------------------------------------------------------




/*
 * ---------------------------------------------------------------
 *  Resolve the system path for increased reliability
 * ---------------------------------------------------------------
 */
    if (function_exists('realpath') AND @realpath($system_path) !== FALSE)
    {
        $system_path = realpath($system_path).'/';
    }
    
    // ensure there's a trailing slash
    $system_path = rtrim($system_path, '/').'/';

    // Is the sytsem path correct?
    if ( ! is_dir($system_path))
    {
        exit("Your system folder path does not appear to be set correctly. Please open the following file and correct this: ".pathinfo(__FILE__, PATHINFO_BASENAME));
    }

/*
 * -------------------------------------------------------------------
 *  Now that we know the path, set the main path constants
 * -------------------------------------------------------------------
 */        
    // The name of THIS file
    define('SELF', pathinfo(__FILE__, PATHINFO_BASENAME));

    // The PHP file extension
    define('EXT', '.php');

     // Path to the system folder
    define('BASEPATH', str_replace("\\", "/", $system_path));

     // Path to the system folder
    define('ADDONPATH', $addon_folder.'/');
        
    // Path to the front controller (this file)
    define('FCPATH', str_replace(SELF, '', __FILE__));
    
    // Name of the "system folder"
    define('SYSDIR', end(explode('/', trim(BASEPATH, '/'))));        


    // The path to the "application" folder
//    if (is_dir($application_folder))
//    {
        define('APPPATH', $application_folder.'/');
//    }
//    else
//    {
//        if ( ! is_dir(BASEPATH.$application_folder.'/'))
//        {
//            exit("Your application folder path does not appear to be set correctly. Please open the following file and correct this: ".SELF);
//        }
//
//        define('APPPATH', BASEPATH.$application_folder.'/');
//    }

/*
 * --------------------------------------------------------------------
 * LOAD THE BOOTSTRAP FILE
 * --------------------------------------------------------------------
 *
 * And away we go...
 *
 */
require_once BASEPATH.'core/CodeIgniter'.EXT;

/* End of file index.php */
/* Location: ./index.php */